于姓主要有两大来源：子姓和姬姓。
第一支出自子姓。商朝时，盂器皿是当时生活中必需品。河南睢县一带生活着一支擅长制作盂器皿的部落，称盂部落，也称于方，即在甲骨文的卜辞中所屡见的盂方。到了商朝后期，盂方为商所灭，商王武丁之子封为于侯，后迁移到今河南沁县西北。《皇王大纪》记载：商末“西伯勘黎，邘侯来援，南宫适虏邘和黎二君，迁邘侯于翟，免黎侯归国自省”。于侯也称邘侯。周初国灭，子孙以国名为氏，于侯子孙分别北迁于河南濮阳东南和山西盂县。这是史书上最早记录的于姓人群，至少有3100年的历史。
第二支出自姬姓。周成王封二弟邘叔于旧于地，即今河南睢县，后又迁到河南沁县西北，侯爵，史称姬姓于国。姬姓于国，国小势弱，在周平王东迁洛阳后，于国被郑国所灭。子孙遂以于为姓。当代于姓多自称为周武王的后裔。姬姓于氏至少有3000年的历史。